2차 발효 안심하고 사용할 수 있는 퇴비를 만들기 위해서는 1차 발효로 불충분하므로 2차 발효과정을 통해 후숙시킬 필요가 있다. 특히 톱밥과 같은 분해가 어려운 물질은 1차 발효과정에서 셀룰로오스와 리그닌은 거의 분해가 되지 않는다. 따라서 낮은 온도의 2차 발효를 통해 많은 미생물을 이용하여 분해시킬 필요가 있다.