농민들이 농약을 살포하는 과정에서 급만성중독을 일으키는 피해율은 정확히 나와 있지는 않으나 농민이 매년 농약중독을 호소하는 율은 30%에 달하고, 농촌여성의 모유에서도 농약잔류성분이 검출되고 있는 실정이다.

실제로 지난 86년부터 90년까지 5년동안에 농약을 살포하다가 중독되어 사망하거나 농약을 마시고 자살한 농민의 숫자가 매년 평균 1천3백46명에 이르렀다는 사실과, 자연생태계 파괴에 이어 동물과 사람에게도 기형아 출산율이 급증하고 있는 가장 큰 이유가 잔류독성의 피해라는 점을 상기할 때 무엇인가 대책을 마련하지 않으면 안될 시점에 와 있는 것이다.

이상과 같이 병충해에 대한 화학적 방제는 장점보다는 단점을 많이 지니고 있는 것으로서 유용 천적군과 곤충군의 박멸, 여러가지 야생동물에 대한 악영향, 저항성 병해충의 유발, 잠재 해충의 주요 해충화, 인축에 대한 급만성중독, 농작물에 대한 약해, 각종 환경오염의 야기, 해충과 질병방제의 효과가 일시적이라는 점 등에서 문제를 안고 있다.

화학적 방제가 지닌 단점중 응용미생물학적인 측면에서 주목을 끄는 큰 문제점은 3R로 귀결되는바 이 3R은 Resistance(저항성), Resurgence(격발현상:병해충이 일시에 폭발적으로 발생하는 현상), Residue(잔류독성)을 의미한다. 현재의 농약이 지속적으로 사용되는 한 3R의 문제는 숙명적인 부작용이라 하겠고, 이 3R의 문제가 해결되지 않는한 화학적인 방제는 제한을 받을 뿐 아니라 종지부를 찍지 않을 수 없는 것이다.